En 1986, año en que entró en vigor el Tratado de Adhesión de España y Portugal a las Comunidades Europeas, la Sociedad para la Promoción y la Reconversión Industrial (SPRI) -sociedad pública adscrita, actualmente, al Departamento de Industria, Innovación, Comercio y Turismo del Gobierno Vasco- ya contaba con una oficina en Bruselas.

Dos años más tarde, por medio del Decreto 89/1988, que establecía la estructura orgánica del Departamento de Presidencia, Justicia y Desarrollo Autonómico, se crea la Oficina del Gobierno Vasco en Bruselas, dependiendo del entonces Gabinete para asuntos relacionados con las Comunidades Europeas.

Dicho Decreto fue objeto de un recurso ante el Tribunal Constitucional por parte del Gobierno del Estado, basado -según la Abogacía del Estado- en la falta de competencia de la Comunidad Autónoma Vasca para abrir una oficina en la capital belga. Como consecuencia de la interposición de este recurso, el Tribunal Constitucional acordó la suspensión del artículo referido a la creación de la Oficina en Bruselas.

El Gobierno Vasco, ante esta situación, creó la Sociedad Pública 'Interbask, S.A.'; la cual contaría con una oficina en Bruselas.

Mediante la Sentencia del Tribunal Constitucional 165/1994 de 26/5/1994 se desestiman las tesis formuladas en el recurso planteado por el Gobierno del Estado, reconociéndose la competencia de la Comunidad Autónoma Vasca para disponer de una representación oficial en Bruselas, al considerar que en las instituciones comunitarias se debaten cuestiones que afectan directamente a las competencias e intereses de Euskadi.

Con la citada sentencia, no sólo se salvaron los obstáculos para el establecimiento oficial de la Delegación de Euskadi en Bruselas, sino que otras Comunidades Autónomas también vieron abierto el camino para la apertura de sus respectivas delegaciones o representaciones en la capital belga.

De esta manera, el 12 de julio de 1995, el Gobierno Vasco aprobó el Decreto de creación formal de la Delegación de Euskadi en Bruselas, como representación oficial ante las instituciones europeas, poniéndose a su disposición los medios materiales y humanos con los que entonces contaba Insterbask S.A.. Esta Sociedad Pública se disolvió a los pocos meses.

Posteriormente, el 6 febrero 1996,  se inauguró la sede actual de la Delegación.

En la actualidad, la Delegación de Euskadi en Bruselas ha pasado a denominarse Delegación de Euskadi para la Unión Europea tras aprobación del Decreto 175/2011, de 26 julio. La Delegación para la Unión Europea actúa bajo la dependencia directa y jerárquica de la Secretaría General de Acción Exterior.