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L'Aéroport de Vitoria-Gasteiz, équipé des systèmes les plus modernes pour garantir son activité dans les conditions climatiques les plus sévères, mais aussi doté d'une capacité pour recevoir les plus grands aéronefs existants, s'est spécialisé dans le trafic de marchandises et occupe actuellement la quatrième place au classement du fret aérien en Espagne. En outre, il possède un terminal de produits périssables qui est opérationnel 24h/24h.
L'Aéroport de Fontarabie, situé dans les environs de Donostia - Saint Sébastien, assure de nombreux vols à destination des plus grandes villes d'Espagne qui complètent la couverture de transit des personnes au Pays Basque Sud.
En termes de navigation, le Pays Basque Sud compte deux ports commerciaux, Bilbao -le plus grand- et Pasajes, dotés d'importantes infrastructures portuaires pour le mouvement de produits pétroliers, de marchandises générales, de véhicules et de biens sidérurgiques. Les deux ports commerciaux basques affrontent le XXIe siècle avec de profondes transformations physiques et de gestion. Les plans stratégiques développés par leurs gestionnaires visent à augmenter la valeur ajoutée des opérations commerciales grâce à l'agrandissement de ses installations et à la diversification des trafics.
Le trafic des marchandises au Port de Bilbao dépasse les 30 millions de tonnes par an, un chiffre qui le situe à la quatrième place du classement des mouvements de toute l'Espagne. Les principales destinations du port se trouvent dans les pays de l'Europe Atlantique qui constituent la provenance ou la destination de plus de 50% de ses marchandises. Il est suivi par les échanges commerciaux avec le continent américain (18% du total) et la région Asie-Pacifique (16% du total qui correspond surtout à l'importation de pétrole), suivis à leur tour par les opérations avec des ports africains (7% du trafic portuaire).
Aujourd'hui, le Port de Bilbao peut accueillir des navires de 378 mètres de long et de plus de 500 000 tonnes. Ses installations disposent de tirants d'eau qui vont de 5 mètres dans l'estuaire du Nervion à 32 mètres dans le port extérieur, lieu d'amarrage des grands pétroliers qui déchargent leur cru dans la raffinerie de Petronor.
Le Port de Pasajes est quant à lui spécialisé dans le trafic de marchandises comme les produits sidérurgiques, la ferraille, le papier et les voitures, parmi ses principaux actifs, avec des mouvements qui atteignent les 6 millions de tonnes de marchandises par an.
À part ces deux ports, le Pays Basque Sud accueille quinze autres plus petits qui réalisent des activités dans le secteur du transport maritime, de la pêche et de la plaisance. Dans la plupart de ces ports, les quais d'amarrage et les surfaces portuaires ont fait l'objet d'agrandissements pour permettre à leur extension de répondre aux besoins. C'est le cas notamment du port de Bermeo qui a retrouvé son caractère commercial tout en conservant son importance comme port de pêche.

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